因應中央流行疫情指揮中心9月2日指示，疫情期間為加強COVID-19防疫作為，今(2021)年自9月6日起，實施入營役男應於入營前3日(不含入營當日)免費快篩，以保障役男入營群體安全。
依指揮中心說明，入營役男應於入營前3日(不含入營當日)，持徵集令(常備兵役、一般替代役、補充兵)、入營通知書(研發替代役)或錄取通知書(志願役)及健保卡，至鄰近之COVID-19全國指定社區採檢院所( https://antiflu.cdc.gov.tw/ExaminationCounter )或其他由地方縣市政府之指定醫事機構，進行免費COVID-19抗原快篩。
經與接訓單位協調，雲林縣9月3日入營之替代役役男及9月6日補充兵、９月7日陸軍、９月7日空軍、9月8日海軍艦艇兵、９月8日海軍陸戰隊等梯次，均於入營日由收訓單位協助縣籍役男進行快篩。
之後梯次，請入營役男，接獲徵集令時，即應自行至指揮中心公布之醫療院所預約快篩時間，並應於入營日集合時，先出示健保快易通App篩檢結果提供查核，或請醫療院所於徵集令上加蓋「醫療院所之章戳」及註記篩檢結果，倘篩檢結果為陰性証明，才可以報到入營。
雲林縣政府民政處也特別提醒役男，前往快篩前，請先洽詢採檢院所或醫事機構是否已實施役男入營公費快篩作業、篩檢時間及是否為入營前三日內等注意事項。